Het belangrijkste punt is om een hoeveelheid microbiële biomassa te verzamelen die voldoende is om de sequentiebepaling uit te voeren en om de monsterverontreiniging te minimaliseren; om deze reden kunnen verrijkingstechnieken worden gebruikt. In het bijzonder moet de DNA extractieoperatie goed zijn voor elke bacteriestam, niet om de genomen te hebben van degenen die gemakkelijk te lyseren. Mechanische lysis heeft gewoonlijk de voorkeur in plaats van chemische lysis, en het kloppen van DNA parels kan resulteren in DNA verlies bij het voorbereiden van de bibliotheek.
Voorbereiding van de bibliotheek en sequencing
De meest gebruikte platforms zijn Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore MinION en Pacific Bioscience Sequel, ondanks dat het Illumina-platform als de meest aantrekkelijke optie wordt beschouwd vanwege de brede beschikbaarheid, hoge output en nauwkeurigheid. Er zijn geen aanwijzingen over de juiste hoeveelheid te gebruiken monster.
Afbeelding 331A | Stroomschema dat illustreert hoe het menselijk microbioom wordt bestudeerd op DNA -niveau. | Axtian / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Microbiome_analysis_flowchart.png) van Wikimedia Commons
Auteur : Rogers Nilstrem
Referenties:
Medische microbiologie I: pathogenen en menselijk microbioom
Reacties
Een reactie posten