Beginnend met een biologische vraag, kan een ChIP-on-chip -experiment worden onderverdeeld in drie hoofdstappen: De eerste is het opzetten en opmaken van het experiment door de juiste array en het juiste sondetype te selecteren. Ten tweede wordt het eigenlijke experiment uitgevoerd in het natte laboratorium. Ten slotte worden tijdens het droge laboratoriumgedeelte van de cyclus de verzamelde gegevens geanalyseerd om de oorspronkelijke vraag te beantwoorden of om tot nieuwe vragen te leiden, zodat de cyclus opnieuw kan beginnen.
Wet-lab-gedeelte van de workflow
In de eerste stap wordt het eiwit van interesse (POI) verknoopt met de DNA -plaats waaraan het in een in vitro-omgeving bindt. Gewoonlijk gebeurt dit door een zachte formaldehyde-fixatie die omkeerbaar is met warmte.
Vervolgens worden de cellen gelyseerd en wordt de DNA geschoren door middel van sonicatie of met behulp van micrococcen nuclease. Dit resulteert in dubbelstrengs brokken van DNA -fragmenten, van nature 1 kb of minder lang. Degenen die werden gecrosslinkt met de POI vormen een POI-DNA complex .
Afbeelding 127A | Workflowoverzicht van een ChIP-on-chip -experiment. | Zirguezi / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:ChIP-on-chip_workflow_overview.svg) van Wikimedia Commons
Auteur : Milos Pawlowski
Reacties
Een reactie posten