SMRT-sequencing is gebaseerd op de sequentiebepaling door synthese die voorhanden is. De DNA is gesynthetiseerd in zero-mode wave-guide (ZMW's) - kleine putjes met de opnamegereedschappen aan de onderkant van de put. De sequentiebepaling wordt uitgevoerd met gebruik van ongemodificeerd polymerase (bevestigd aan de ZMW-bodem) en fluorescent gelabelde nucleotiden die vrij in de oplossing stromen. De putjes zijn zo geconstrueerd dat alleen de fluorescentie die optreedt aan de onderkant van het putje wordt gedetecteerd. Het fluorescerende label wordt losgemaakt van het nucleotide na opname ervan in de DNA -streng, waardoor een ongemodificeerd DNA strand. Volgens Pacific Biosciences (PacBio), de ontwikkelaar van SMRT-technologie, maakt deze methodologie detectie van nucleotidemodificaties mogelijk (zoals cytosinemethylering). Dit gebeurt door de opmerking van polymerasekinetiek. Dit bij de hand maakt analyses mogelijk van 20.000 nucleotiden of meer, met een gemiddelde afleeslengte van 5 kilobasen. In 2015 kondigde Pacific Biosciences de lancering aan van een nieuw sequencing-instrument genaamd het Sequel System, met 1 miljoen ZMW's vergeleken met 150.000 ZMW's in het PacBio RS II-instrument. SMRT-sequencing wordt "derde generatie" of "long-read" sequencing genoemd.
Afbeelding 151A | Meerdere, gefragmenteerde aaneenschakelingsanalyses moeten worden samengevoegd op basis van hun overlappende gebieden. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) van Wikimedia Commons
Auteur : Milos Pawlowski
Reacties
Een reactie posten