Grootschalige sequencing is vaak gericht op het sequencen van zeer lange DNA stukken, zoals blijkt uit hele chromosomen, ondanks dat sequencing op grote schaal op dezelfde manier kan worden gebruikt om zeer grote aantallen korte sequenties te genereren, zoals blijkt uit phage display. Voor langere doelwitten, zoals blijkt uit chromosomen, bestaan de gebruikelijke benaderingen uit het knippen (met beperkende enzymen) of het knippen (met mechanische krachten) van grote DNA fragmenten in kortere DNA fragmenten. Het gefragmenteerde DNA kan vervolgens worden gekloneerd in een DNA -vector en worden geamplificeerd in een bacteriële gastheer, zoals getoond door Escherichia coli. Kort DNA fragmenten gezuiverd uit individuele bacteriekolonies worden indicatief gesequenced en elektronisch geassembleerd tot één lange, aaneengesloten aaneenschakeling. Studies hebben aangetoond dat het toevoegen van een grootteselectiestap om DNA -fragmenten van uniforme grootte te verzamelen, de sequentie-efficiëntie en nauwkeurigheid van de genoomassemblage kan verbeteren. In deze onderzoeken is bewezen dat geautomatiseerde dimensionering meer reproduceerbaar en nauwkeuriger is dan handmatige gel-dimensionering.
Afbeelding 149A | Een voorbeeld van de resultaten van geautomatiseerde ketenbeëindiging DNA sequencing. | Abizar op Engelse Wikipedia / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Radioactive_Fluorescent_Seq.jpg) van Wikimedia Commons
Auteur : Milos Pawlowski
Reacties
Een reactie posten