(Geautomatiseerd) ribosomaal intergene spacer-onderzoek, of (A) RISA (Figuur 3), maakt gebruik van het feit dat prokaryotisch DNA codeert voor twee sterk geconserveerde genen, het 16SrRNA-gen en het 23SrRNA-gen. Deze coderen voor de kleine en grote subeenheidgenen in het rRNA-operon. Tussen deze twee genen bevindt zich een intern getranscribeerd spacer (ITS) -gebied. Omdat het niet codeert voor eiwitten, is het een zeer variabele nucleotide aaneenschakeling en lengte. Zodra DNA is geïsoleerd uit een gemeenschap, versterkt PCR dit spacer-gebied. De fragmenten kunnen uitlopen op een gel (RISA), of de fluorescerende primers kunnen worden vertaald in pieken in overvloed van de unalike fragmentlengtes op een elektroferogram (ARISA).
Gegevensuitvoer en interpretatie
Vanwege variabele niet-coderende regio's is de uitvoer voor RISA een gel met ongelijksoortige bandpatronen en is de uitvoer voor ARISA een elektroferogram met ongelijksoortige pieken (vergelijkbaar met T-RFLP).
Afbeelding 141A | Figuur 2. De microbiële vingerafdruktechniek genaamd Denaturing Gradient Gel Electrophoresis. Het diagram laat zien hoe monsters van ongelijksoortige microbiële gemeenschappen kunnen worden vergeleken. | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_DGGE_analysis_in_microbiology.pdf) van Wikimedia Commons
Auteur : Milos Pawlowski
Reacties
Een reactie posten