DNA -sequenties die aan een bepaald eiwit zijn gebonden, kunnen worden geïsoleerd door dat eiwit te immunoprecipiteren (ChIP). Deze fragmenten kunnen vervolgens worden gehybridiseerd tot een microarray (zoals een tiling-array) waardoor de bezetting van de eiwitbindingsplaats door het hele genoom kan worden bepaald. Voorbeelden van proteïne om te immunoprecipiteren zijn histone modificaties (H3K27me3, H3K4me2, H3K9me3, etc.), Polycomb-groep proteïne (PRC2: Suz12, PRC1: YY1) en trithorax-groep proteïne (Ash1) om het epigenetische landschap te bestuderen of RNA Polymerase II om het kopieerlandschap te bestuderen.
DamID
Analoog aan ChIP kunnen genomische regio's die zijn gebonden door een eiwit van belang, worden geïsoleerd en gebruikt om een microarray te onderzoeken om de bezetting van de bindingsplaats te bepalen. In tegenstelling tot ChIP heeft DamID geen antilichamen nodig, maar maakt het gebruik van adeninemethylering in de buurt van de bindingsplaatsen van het eiwit om die gebieden selectief te amplificeren, geïntroduceerd door het tot expressie brengen van zeer kleine hoeveelheden eiwit dat van belang is gefuseerd met bacterieel DNA adenine-methyltransferase.
Afbeelding 146A | Twee Affymetrix-chips. Een match wordt linksonder getoond om de maat te vergelijken. | Geen machineleesbare auteur opgegeven. Veronderstelde Schutz (op basis van auteursrechtclaims). / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Affymetrix-microarray.jpg) van Wikimedia Commons
Auteur : Milos Pawlowski
Reacties
Een reactie posten